Az alkohol drámai hatással van az emésztőrendszerre. Részben azért, mert az alkohol először a szájon, a nyelőcsövön, a gyomron, a beleken, majd a vastagbélen keresztül kerül kapcsolatba a szervezettel. Amint az alkohol bejut az emésztőrendszerbe, átjut a véráramba. A máj azonnal elkezdi az etanolt acetaldehidnek nevezett anyaggá alakítani. Az acetaldehid az az anyag, amely gyulladást és károsodást okozhat, illetve a sajnálatos másnaposságot is ez adja.

Tehát az alkohol vagy az acetaldehid felelős az emésztőrendszer minden elemének károsodásáért. A bélben három specifikus rendszerre van hatással.

Az első rendszer a gyomor, ahol gyomorsav termelődik az élelmiszerek megemésztésére, valamint a baktériumok és kórokozók elpusztítására. Az alkohol károsítja ezt a rendszert az emésztési útvonalak leállításával és a sósav felszabadulásával. Az alkohol kortizol felszabadulását okozza a szervezetben, ami lényegében leállítja az emésztési utat. A krónikus alkoholfogyasztóknál gyakran alacsony a gyomorsav és az emésztőenzimek szintje, ami rontja az étel megemésztési képességét.

Az epekövek és az epehólyag eltávolítása nagyon gyakori az alkohollal élőknél. Az epehólyagot gyakran eltávolítják és ez tovább súlyosbítja a táplálék emésztését, mivel az epehólyag epét termel, amely a zsírok emésztéséhez szükséges. A hasnyálmirigy egy másik szerv, amelyet súlyosan károsít az alkohol, és az akut hasnyálmirigy-gyulladást szinte mindig az akut alkoholmérgezés okozza. A hasnyálmirigy felelős az enzimek felszabadításáért a cukrok, szénhidrátok és fehérjék megemésztésére az ételeinkben. Nem csoda, ha az emésztőrendszer összezavarodik az alkoholfogyasztás után. Ez a második részhez vezet. Azonban először is fontos megjegyezni, hogy az étkezés célja az, hogy tápanyagokat vonjunk ki az élelmiszerből az energia és a mindennapi élet érdekében. Ha az ételt nem lehet megfelelően lebontani, akkor a tápanyagokat sem lehet megfelelően kivonni belőle.

A második rendszer a vékonybél. A vékonybél fő feladata a tápanyagok felszívása és kivonása az ételből. Az alkohol jelenléte a vékonybélben károsítja, kilyuggatja és alapvetően gyulladásban tartja azt. A vékonybélben az úgynevezett „szivárgó bél” szindróma fordulhat elő. Bár ezt a kifejezést a hagyományos orvoslás nem fogadja el könnyen, szakirodalom támasztja alá, hogy a vékonybél károsodása esetén szivárgó bél valóban előfordul. A szivárgó bélrendszert az alkohol és más méreganyagok lyukai és károsodása okozza. A szivárgás lehetővé teszi a normálnál nagyobb élelmiszer-, baktérium- és méreganyagok bejutását a véráramba! Normális esetben ezek az anyagok a zárt emésztőrendszerben maradnak, majd kiürülnek, de szivárgásuk miatt átjuthatnak a nagyon sérülékeny véráramunkba. Ezek a nagyobb élelmiszerrészecskék a véráramban hozzájárulhatnak a hirtelen fellépő élelmiszer-érzékenység kialakulásához, (például glutén, tejtermékek,  kukorica vagy szója), mivel a szervezet nem ismeri fel őket ebben a nagyobb formában. Más nagy részecskék, mint például a baktériumok és a toxinok, a véráramba kerülve egy extra mérgező és gyulladásos réteget adnak a szervezetnek.

A harmadik rendszer a vastagbél, ahol elsődlegesen megtalálható a „bélmikrobióma”. A bélmikrobióma állítólag több millió különféle baktériumból áll, amelyek harmonikusan élnek, segítve a tápanyag-anyagcserét, sőt a hangulat kedvéért a szerotonintermelést is. Az egészséges bélmikrobióma előnyeit alátámasztó kutatások száma napról napra növekszik. Az alkohol lényegében sterilizálja vagy „megöli” a jótékony baktériumokat. A baktériumok nem tudnak túlélni mérgező környezetben. Gyakran a jótékony baktériumok elpusztulnak, és a mikrobiomot patogén baktériumok uralják.  

Az emésztőrendszer károsodása az egész szervezetre kihat. Ha kevés a gyomorsav és károsodott az enzim- és epetermelés, akkor nem tudjuk megemészteni az ételt a megfelelő tápanyag-kivonás érdekében. A vékonybél nem képes sok tápanyagot kinyerni az élelmiszerből és a nagyobb élelmiszerrészecskék átjutnak a véráramba, ami fokozza a gyulladást. A gyulladás hozzájárulhat a fáradtsághoz, a fájdalomhoz, az álmatlansághoz, a pajzsmirigy- és a hormonrendszer nem megfelelő működéséhez. A gyulladások hozzájárulnak a felgyorsult öregedéshez, a bélmikrobióma károsodása pedig a hangulatra és az energiaszintre is hatással van.